いつもはujisなのですが、現在utf8にて開発を行っております。
そこで見事に文字コードにやられておりました。。
PHP側の文字コードの設定はどうやらミスではなかったようです。

さすがに散々PHPの文字コードで失敗したのでもうあまり失敗はしませんよ。
どうやらmy.cnfの

[mysql]
default-character-set= ujis

このようになっていたのが原因みたい。
そこでphp側でmysqlに接続したさいに『SET NAMES utf8』と書いてあげたところうまくいきました。

ちなみにMDB2使うときは僕はこのように書きました。
間違っている部分ありましたら、コメントで指摘いただけましたら幸いです。

$mdb2 =& MDB2::factory($app_option[‘dns’]);
$mdb2->exec(“SET NAMES utf8″);

$mdb2->loadModule(‘Extended’);

あとはautoPrepareやってみたりしています。
いちお解決できたからokだと思います。